Разлика между BLAST и FastA

Най- ключова разлика между BLAST и FastA е това BLAST е основен инструмент за подравняване, наличен на уебсайта на Националния център за биотехнологична информация, докато FastA е инструмент за търсене на сходство, наличен на уебсайта на Европейския биоинформатичен институт.

BLAST и FastA са два софтуера, които се използват широко за сравняване на биологични последователности на ДНК, аминокиселини, протеини и нуклеотиди от различни видове и търсене на техните прилики. Тези алгоритми са написани, като се има предвид скоростта. Защото, когато учените успяха да изолират ДНК в лабораторията в средата на 80-те години, тя породи необходимост от сравняване и намиране на идентични гени за по-нататъшни изследвания с висока скорост. Следователно, тези два софтуера са разработени по начин, по който потребителят може да извърши бързо търсене на подобни последователности с тези на своите последователности на заявки.

BLAST е съкращение за Основен инструмент за търсене на локално съответствие и използва локализирания подход при сравняване на двете последователности. FastA е софтуер, отнасящ се до Fast A, където A означава All. Тук софтуерът работи с азбуки като Fast A за секвениране на ДНК и Fast P за протеин. Както BLAST, така и FastA са много бързи в сравняването на всяка база данни на геноми и следователно са много жизнеспособни както парично, така и като спестяват време.

СЪДЪРЖАНИЕ

1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е BLAST
3. Какво е FastA
4. Прилики между BLAST и FastA
5. Паралелно сравнение - BLAST срещу FastA в таблична форма
6. Резюме

Какво е BLAST?

BLAST е един от най-широко използвания софтуер за биоинформатика, разработен през 1990 г. Оттогава той е достъпен за всички на сайта на NCBI. Освен това всеки човек може да получи достъп до този софтуер и да го използва. Освен това BLAST е софтуер, който се нуждае от входни данни или последователности във формат FastA. Но той дава изходни данни в обикновен текст, HTML или XML формат. BLAST работи на принцип за търсене на локализирани сходства между две последователности и изброява накратко сходните последователности и след това търси прилики в близост.

Фигура 01: Резултати от BLAST

По този начин този софтуер търси голям брой подобни местни региони и дава резултат при достигане на прагова стойност. Този процес обаче се различава от по-ранния софтуер, който първо търси цялата последователност и след това сравнението и следователно отне много време.

Освен горната проверка на сходството, BLAST има и много други приложения, като ДНК картиране, сравнявайки два еднакви гена при различни видове, създавайки филогенетично дърво и т.н..

Какво е FastA?

FastA е софтуер за подравняване на протеинови последователности. Дейвид Дж. Липман и Уилям Р. Пиърсън описаха този софтуер през 1985 г. Въпреки че първоначалната употреба на този софтуер беше само за сравняване на протеиновите последователности, модифицираната версия на него също беше в състояние да сравни ДНК последователностите. Тук този софтуер използва принципа за намиране на сходството между две последователности статистически. Той съвпада с една последователност на ДНК или протеин с друга последователност чрез метод за локално подравняване на последователности.

Фигура 02: FastA

Въпреки това, тя търси местните региони за сходство, но не и най-доброто съвпадение между две последователности. Тъй като този софтуер сравнява локализирани прилики на моменти, той може да излезе и с несъответствия. В последователност FastA взема малка част, известна като k-tuples, където кортежите могат да бъдат от 1 до 6 и съвпадат с k-кортежите на другата последователност. В края на процеса на съвпадение, когато достигне прагова стойност, той произвежда резултата.

Какви са приликите между BLAST и FastA?

• BLAST и FastA са инструменти за биоинформатика, използвани за сравняване на протеинови и ДНК последователности за сходства.
• Също така и двете програми използват стратегия за оценка, за да правят сравнения между последователностите.
• Освен това и двата инструмента дават високо точни резултати.

Каква е разликата между BLAST и FastA?

BLAST е инструмент за проверка на сходството между биологичните последователности. От друга страна, FastA е друга програма, която улеснява проверката на сходството на протеиновите и ДНК последователности. Въпреки това, в сравнение с FastA, BLAST софтуерът е много популярен, тъй като дава по-точни и бързи резултати. Следователно, това е разликата между BLAST и FastA. Освен това, за разлика от FastA, програмата BLAST може да се променя според нуждите на потребителя. Следователно това е още една разлика между BLAST и FastA.

Инфографиката по-долу за разликата между BLAST и FastA предоставя повече подробности.

Обобщение - BLAST срещу FastA

BLAST и FastA са две програми, които позволяват на потребителя да сравнява своята последователност на заявки с последователностите в съществуващите бази данни и да проверява приликите. Първоначалната цел на FastA беше да сравнява само протеинови последователности. Но модифицираната версия на този софтуер улеснява сравненията на протеини и ДНК последователности. Въпреки че FastA е добър софтуер, повечето хора използват BLAST инструмент за подравняване, тъй като е по-популярен и дава по-точни и бързи резултати от FastA. Също така BLAST инструментът може да се променя според потребителските изисквания. Накратко, това обобщава разликата между BLAST и FastA.

справка:

1.Мадън, Томас. „Инструментът за анализ на последователността BLAST.“ Текущи доклади по неврология и неврология., Национална медицинска библиотека на САЩ, 15 март 2013 г. Достъпно тук 

С любезност на изображенията:

1. "CCDC132 Blast Резултати" от NCBI Blast - NCBI Blast, (Public Domain) чрез Commons Wikimedia  
2. "Регион на промоутър FAM149A (формат FASTA)" от LarsonGCD - Собствена работа, (CC BY-SA 3.0) през Wikimedia на Commons