Разлика между тъп и лепкав край

Ключова разлика - Blunt срещу Sticky End Ligation
 

Рестрикционните ендонуклеази са специфични ензими, които отрязват двуверижна ДНК (dsDNA). Те също са известни като молекулярни ножици в молекулярната биология. Рестрикционните ензими са в състояние да разпознаят специфични къси последователности на dsDNA, известни като места за разпознаване, и разцепват фосфодиестерни и водородни връзки, за да отворят двойни вериги. В резултат на разцепването от тези ензими се получават ДНК фрагменти с различни видове краища, като лепкави и тъпи краища. ДНК лигазата е ензим, използван в молекулярната биология за присъединяване на две съседни нишки на ДНК чрез образуване на нови връзки. Етапът е известен като лигиране и според вида на лигирания край на ДНК, те могат да се означават като тъп край на лигиране и лепкав край. Ключовата разлика между тъпата и лепкава крайна лигация е тази лигация с тъп край се случва между фрагменти на ДНК, които съдържат два тъпи края докато лепкаво крайно лигиране се получава между 5 'и 3' надвеси. В сравнение с тъпата крайна лигатура, лепкавата крайна лигатура е по-ефективна и стабилна.

СЪДЪРЖАНИЕ
1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е Blunt End Ligation
3. Какво е лепкава край на лигиране
4. Паралелно сравнение - Blunt vs Sticky End Ligation
5. Резюме

Какво е тъп край на лигацията?

Някои рестрикционни ендонуклеази могат да отрежат ДНК на противоположните основи и да произведат тъпи фрагменти на ДНК. Тези ензими са известни като тъпи резачи; те се разцепват право до средата на рестрикционния сайт, без да оставят единични нанизани надвиснали основи. Затъпените краища са известни също като непревишаващи се краища, тъй като нямат 3 'и 5' надвиснали основи в краищата. И двете направления завършват от основни двойки в тъпи краища. Най-често срещаните тъпи режещи ензими са EcoRV HaeIII, AluI и SmaI.

Тъпото крайно лигиране е включено между два тъпи края. Това не е лигиране на стърчащи основи. Това лигиране е по-малко ефективно от лепкавото свързване. Въпреки това, в някои случаи, тупото лигиране става по-изгодно от лепкавото крайно лигиране, особено при лигиране на PCR продукти. PCR продуктите винаги се произвеждат с тъпи краища. Липирането на тъп край не изисква допълващи се краища в ДНК за лигирането.

Фигура 01: Крайната продукция от ензима Eco RV

Какво е лепкав край?

Някои рестрикционни ендонуклеази са в състояние да изрежат dsDNA, оставяйки надвиснало парче едноверижна ДНК в края. Тези краища са известни като лепкави или надвиснали краища. Липсващо крайно лигиране се получава между два фрагмента на ДНК, които съдържат съвпадащи надвеси, тъй като лепкавите краища са притежавани с несдвоени основи и се нуждаят от допълнителни бази, за да образуват връзки. Следователно е необходимо да се използва един и същ рестрикционен ензим и за двата източника на ДНК, за да се получат съвпадащите лигиращи фрагменти.

Липсващата крайна лигатура е по-ефективна и често е много желателна при процесите на клониране. Има няколко рестрикционни ензими, които произвеждат лепкави краища. Те са EcoRI, BamHI, HindIII и т.н..

Фигура 02: Лепка крайна продукция от ензима Eco RI

Каква е разликата между Blunt и Sticky End Ligation?

Блънт срещу Sticky End Ligation
Тъпото крайно лигиране се случва между два фрагмента на тъпа ДНК.	Липсващото крайно лигиране се получава между два съвпадащи ДНК фрагмента с лепкави краища.
Ензимите
Тъпите фрези произвеждат тъпи краища.	Лентите с лепилни краища създават лепкави или сплотени краища.
Изискване на съвпадащи краища
Не изисква съвпадение на фрагменти или допълнителни бази.	Необходими са допълнителни основи в краищата, за да се образуват основни двойки.
Ефективност
Той е по-малко ефективен от лепкавия край на лигирането	Той е по-ефективен от тъп лигаж.

Обобщение - Блънт срещу Sticky End Ligation

Рестрикционните ендонуклеази са в състояние да разцепят dsDNA и да произведат ДНК фрагменти с различни краища. Те разпознават специфични последователности и ограничават ДНК, създавайки лепкави и тъпи краища. Лепкавите краища имат несдвоени основи в края на фрагментите. Тъпите краища се създават поради прав разрез и те имат основни двойки в краищата. Липсващата крайна лигиране изисква две комплементарни едноверижни ДНК парчета. Тъпото крайно лигиране възниква между всеки два тъпи крайни фрагмента. Това е разликата между тъпата и лепкава лигация.

Препратки:
1. Робъртс, Ричард Дж. „Как рестрикционните ензими станаха коня на молекулярната биология.“ Сборник на Националната академия на науките. National Acad Sciences, n.d. Web. 12 април 2017г
2. Аднан, Амна. Използване на рестрикционни ензими в биотехнологиите. N.p., n.d. Web. 12 април 2017г

С любезност на изображенията:
1. „EcoRV Restriction Site.rsh“ от Рамин Херати - Създаден с Inkscape (Public Domain) чрез Commons Wikimedia
2. “Рестрикционен ензим Eco RI” от Tinastella - Собствена работа (Public Domain) чрез Commons Wikimedia