Разлика между генотипирането и секвенирането

Ключова разлика - Генотипиране срещу секвениране
 

Генотипирането и секвенирането са две техники, извършвани за получаване на информация за нуклеиновите киселини, главно ДНК на организма. Ключовата разлика между генотипирането и секвенирането е в това генотипирането е процесът на определяне кой генетичен вариант притежава индивидът с помощта на маркери, докато секвенирането е определянето на правилния ред на нуклеотидната последователност в дадения фрагмент от ДНК.

СЪДЪРЖАНИЕ
1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е генотипизация
3. Какво е секвениране
4. Паралелно сравнение - Генотипиране срещу секвениране
5. Обобщение

Какво е генотипизация?

Генотипирането е определяне на генетичния състав на индивид с помощта на последователност от ДНК и маркери и сравнение и идентифициране на неговото наследяване. Генотипирането е важно в еволюционната биология, биологията на населението, таксономията, екологията и генетиката на организмите. Той може да бъде изпълнен чрез различни техники, включително ДНК секвениране, полимеразна верижна реакция, полиморфизъм с дължина на рестрикционния фрагмент (RFLP), случайно усилено полиморфно откриване, полиморфизъм с усилен дължина на фрагмента (AFLP), ДНК микроматрици и др..

Генотипирането включва секвениране на конкретни малки фрагменти от ДНК последователности и намиране на свързаност на генетичния състав с други индивиди, използващи генетични маркери. Той определя единичните нуклеотидни полиморфизми (SNPs) сред индивидите или специфичните алели. Генотипизацията е приложима за широк кръг организми, включително хора. Той е приложим и за микроорганизми като вируси, гъбички и т.н. и може да се използва за определяне на техните генетични варианти с референтните профили. В молекулярната епидемиология и криминалистична микробиология контролът на патогените, особено на микроорганизмите, се извършва от информацията, получена от генотипирането. Генотипирането е много важно при анализа на родословието. Хората са генотипирани, за да потвърдят майчинството и бащинството. Генотипът ще разкрие доминиращите и рецесивни алели на гени, които определят специфични черти.

Фигура_1: RFLP Генотипизиране

Какво е секвениране?

Секвенирането е процесът на определяне на правилния ред на нуклеотида в даден фрагмент от ДНК или РНК. На практика цялата информация, необходима за растежа и развитието на организма, е кодирана в неговия геном. Наличието на техники за производство и разделяне на няколкостотин нуклеотидни фрагменти с дълги нуклеинови киселини доведе до разработването на процедури за определяне на точната нуклеотидна последователност на даден фрагмент от ДНК или РНК. Днес са достъпни различни видове методи за секвениране. Тези методи за секвениране, заедно с технологиите за изграждане на геномни библиотеки, представляващи целия геном на организма, улесняват секвенцирането на целия геном на този организъм, като правят задълбочен анализ на генните структури, генните функции, генните местоположения, генните експресии и др. генетично картиране, региони за генно регулиране и др.

Общите геноми на много вируси, няколко бактерии, архебактерии, дрожди и няколко други организми са секвенирани и картографирани. Проектът за човешкия геном даде възможност за последователност и картографиране на целия човешки геном и публикуването на първия му проект през 2003 г. Това е основен момент в развитието на биологията. Последователностите на човешкия геном вече се използват в медицинския сектор за идентифициране на генетични причини за редки заболявания, риск от скрининг на заболяванията при новородени, идентифициране на генетични детайли на различни видове рак, разработване на нови терапевтични средства и разработване на нови инструменти за диагностика и т.н..

В растителния свят, оризовият геном и геномите на Arabidopsis са секвенирани. Познаването на тези последователности без съмнение ще промени революцията в нашето разбиране за функционирането на клетките и организмите.

Фигура_2: Авторадиограф на сигурно секвениране

Каква е разликата между генотипирането и секвенирането?

Генотипиране срещу секвениране
Генотипирането е процесът на определяне на генетичния състав на индивид и проверка на групата или таксономията на този организъм.	Секвенирането е процесът на определяне на точния ред на нуклеотидите на даден фрагмент от ДНК или РНК.
техники
RFLP, генетично секвениране, PCR, ДНК микрочипове, AFLP и т.н..	Сигурно секвениране, секвенциране на Гилбърт, пиросеквенция, последователно следващо поколение, секвенциране на пушка и др.
Основни опасения
Това е по-загрижено дали разликите в генотипа дават действителните разлики в фенотипа.	Това е по-загрижено за реда на нуклеотидите и неговите разлики и промени с други организми.

Обобщение - Генотипиране срещу секвениране

Генотипирането и секвенирането са полезни за изучаване на генетичната информация на организмите. Генотипирането е процесът на определяне на вариациите на генотипа сред индивидите и намиране на техните категории. Секвенирането е процесът на определяне на правилния ред на нуклеотидите в заинтересования фрагмент или областта на ДНК. И двете техники предоставят важна информация за гените и геномите.

справка:
1. „Генотипични методи.“ Методи в молекулярната биология (Clifton, N.J.). Националната медицинска библиотека на САЩ, n.d. Web. 20 февруари 2017г.
2. Akey, J. M., D. Sosnoski, E. Parra, S. Dios, K. Heister, B. Su, C. Bonilla, L. Jin и M. D. Shriver. „Анализ на кривата на топене на SNPs (McSNP ): Без гел и евтин подход за генотипизиране на SNP.“ BioTechniques 30.2 (2001): 358-67. мрежа.

С любезност на изображенията:
1. „RFLP генотипизиране“ от (неизвестно) - Национални здравни институти (публично достояние) чрез Commons Wikimedia
2. "Радиоактивен флуоресцентен" от Абизар от английската Уикипедия (CC BY-SA 3.0) през Commons Wikimedia