Разлика между превода на Nick и разширението на грунда

Ключова разлика - превод на Ник срещу разширение за грунд
 

Преводът на Ник и удължаването на грунд са две важни техники, изпълнявани в молекулярната биология. Ключовата разлика между превода на ник и разширението за грунд е тази Ник превод процес произвежда маркирани сонди за други техники на хибридизация докато метод за удължаване на праймера идентифицира специфична последователност на РНК от смес и разкрива информация за експресията на тРНК. И двете техники имат голямо значение и се провеждат рутинно в лаборатории за молекулярни изследвания.

СЪДЪРЖАНИЕ
1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е Ник Превод
3. Какво е удължаване на грунд
4. Паралелно сравнение - Nick Translation vs Primer Extension
5. Резюме

Какво е Ник Превод?

Преводът на Ник е важна техника, използвана за приготвяне на белязани сонди за различни молекулярни биологични техники като блотиране, на място хибридизация, флуоресцентна на място хибридизация и др инвитро метод на ДНК етикетиране. ДНК сондите се използват за идентифициране на специфични последователности на ДНК или РНК. С помощта на белязана сонда могат да бъдат маркирани или визуализирани специфични фрагменти от сложна смес от нуклеинова киселина. Следователно маркираните сонди се приготвят с помощта на различни техники, които да се използват за различни техники. Преводът на Ник е един такъв метод, който произвежда белязани сонди с помощта на ензими DNase 1 и ДНК полимераза 1.

Процесът на транслация на ник започва с активността на ензима DNase 1. DNase 1 въвежда никове във фосфатния гръбнак на двуверижна ДНК чрез разцепване на фосфодиестерни връзки между нуклеотиди. След като никът бъде създаден свободна 3 'ОН група от нуклеотида ще се получи и ДНК полимераза 1 ензим ще действа върху него. 5 'до 3' екзонуклеазна активност на ДНК полимераза 1 премахва нуклеотидите от ника към 3 'посоката на ДНК веригата. Едновременно с това, полимеразната активност на ензима на ДНК полимераза 1 работи и добавя нуклеотиди за заместване на отстранените нуклеотиди. Ако нуклеотидите бяха белязани, замяната ще се извърши с белязаните нуклеотиди и тя ще маркира ДНК за идентификация. Тази новосинтезирана белязана ДНК може да се използва като сонди при различни реакции на хибридизация в Molecular Biology.

Фигура 01: Процес на превод на Ник

Какво е удължаване на грунд?

Праймерът удължаване е техника, която се използва за намиране на специфична RNA последователност от РНК смес и намиране на 5 'края на mRNA транскрипта. Използва се и за изследване на структурата на РНК и експресията. Методът за удължаване на грунд се провежда с белязани праймери или с белязани нуклеотиди. Ако се използват белязани праймери, това изключва необходимостта от етикетиране на нуклеотидите, които се използват за синтеза на кДНК. В тази техника има няколко стъпки. Започва с екстракция на РНК от пробата. След това белязан олигонуклеотиден праймер се добавя към сместа заедно с необходимите съставки за синтезиране на кДНК на специфична последователност на РНК. Грундът се изгаря с допълващата последователност от сместа. Използвайки последователността, отгрята от праймера като шаблон, ензимната обратна транскриптаза синтезира комплементарната ДНК (cDNA) на РНК последователността. Праймерно отгряване и обратна транскрипция се появяват само когато специфичната RNA последователност присъства в пробата. Накрая, когато се извършва денатуриране на гел електрофореза, може да се определи размерът на РНК последователността. Също така е лесно да се намери +1 базата на последователността на тРНК (транскрипционно място) чрез метода на праймерно удължаване. Количеството на иРНК, присъстващо в пробата, може да се определи количествено чрез този метод, ако се използва излишък от праймер.

Фигура 02: Удължаване на грунд

Каква е разликата между Nick Translation и Primer Extension?

Nick Translation vs Primer Extension
Ник транслацията е процес, който създава белязани ДНК сонди за различни реакции на хибридизация.	Праймерът удължаване е техника, използвана за намиране на специфична РНК или за изследване на генната експресия.
Използвани ензими
Използват се ензими DNase 1 и ДНК полимераза.	Използва се ензим за обратна транскриптаза.
важност
Ник преводът улеснява маркирането на специфична последователност на ДНК.	Праймерът удължаване позволява откриване на специфичен размер на иРНК последователност и количество, присъстващо в пробата.

Обобщение - Превод на Ник срещу Разширение за грунд

Ник преводът е метод, използван за синтезиране на белязани сонди въз основа на дейностите на DNase 1 и Е коли ДНК полимераза 1 ензими. Това е ан инвитро метод, използван в лабораториите преди различни техники на хибридизация. По време на ник транслацията, 5'-3 'екзонуклеазната активност на ДНК полимераза 1 премахва нуклеотидите преди ник, а полимеразната активност на ДНК полимераза 1 замества отстранените нуклеотиди с белязани нуклеотиди зад ника. Праймерът удължаване е метод, който се използва за откриване на специфичен транскрипт на РНК от смес и количествено определяне на размера и размера на интересуващата РНК. Това е разликата между превода на ник и разширението за грунд.

Препратки
1. Рейд, Алекс. „Ник превод.“ Springer. N.p., n.d. Web. 18 април 2017г
2. "Удължаване на грунд." Национална диагностика. N.p., n.d. Web. 19 април 2017г
3. Куо, М. Т. и У. Плункет. „Ник-превод на метафазни хромозоми: in vitro маркиране на нуклеазно-свръхчувствителни региони в хромозоми.“ Сборник на Националната академия на науките на Съединените американски щати. Национална медицинска библиотека на САЩ, февруари 1985 г. 19 април 2017г
4. Raymond et al. „Прост, количествен PCR анализ за праймерно удължаване за директен мониторинг на микроРНК и краткотрайни РНК.“ РНК. Copyright 2005 от RNA Society, ноември 2005. Web. 19 април 2017г

С любезност на изображенията:
1. „Тест за удължаване на грунд“ от Jjnmmnjj - Собствена работа (CC BY-SA 3.0) през Wikimedia на Commons