Разлика между QTL и GWAS

Най- ключова разлика между QTL и GWAS разчита на типа последователности, използвани в анализа. QTL използва генни локуси за свързване, за да анализира фенотипни черти, свързани с полигенно наследяване, докато GWAS използва цели геномни последователности за анализ на единични нуклеотидни полиморфизми на определено състояние.

QTL картите и GWAS играят важна роля в генетичните анализи за различни черти. Освен това те са важни при анализа на различни болестни състояния с неизвестна етиология. В допълнение, секвенцирането играе ключова роля и в двете техники. Тези техники могат допълнително да бъдат съчетани с други техники с висока пропускателна способност за повишена точност и прецизност.

СЪДЪРЖАНИЕ

1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е QTL 
3. Какво е GWAS
4. Прилики между QTL и GWAS
5. Паралелно сравнение - QTL срещу GWAS в таблична форма
6. Резюме

Какво е QTL?

QTL означава Количествен локус на чертата. Това е регион на ДНК, свързан с фенотипна черта. Като цяло QTL поражда полигенни ефекти. Разпределението на QTL варира и броят на QTL предполага степента на изменение на определен фенотипичен признак. Освен това те обикновено кодират основите на непрекъснати черти, а не дискретни черти.

При идентифицирането на QTL регионите е важно да се секвенира определена QTL област. Освен това, за да улеснят разследванията и изследванията, се извършва последователност и запаметяване на данните за последователността в общите QTL региони с участието на биоинформатика. Ние наричаме тази техника QTL картографиране. Впоследствие се създава база данни с последователностите на QTL региона.

Фигура 01: QTL сканиране

Освен това приложенията на QTL последователности разчитат главно на BLAST инструмент, където сходството на последователностите може да бъде определено. Той е важен за определяне на връзките между организмите. Освен това е важно за определяне на сложността на определен полигенен фенотип. Той също така определя еволюцията на определена черта.

Понастоящем QTL анализът се комбинира с други техники с висока пропускателна способност като ДНК микрорешетки. Това е важно при експресионния анализ на фенотипа. Понастоящем учените са много заинтересовани от разработването на базата данни на QTL, тъй като регионите QTL са отговорни за много важни черти на различни видове.

Какво е GWAS?

GWAS означава Геномно проучване на асоциацията. Освен това се отнася до проучвания за асоцииране на цели геноми. Тези изследвания се фокусират главно върху наблюдателни изследвания. Анализира генетичните варианти на различни индивиди, обикновено свързани с конкретна черта. Освен това целият геном е важен за GWAS анализ.

Фигура 02: GWAS

GWAS е важен инструмент в анализа на единични нуклеотидни полиморфизми, свързани с различни болестни състояния. Това е и сравнително изследване на различните единични нуклеотидни полиморфизми в широка популация. В допълнение, извадката за изследване на GWAS е много висока; следователно, тя също приема формата на кохортно проучване на напречно сечение.

Освен това се проведе първото изследване на GWAS по отношение на инфаркта на миокарда и анализирането на гените, свързани с инфаркт на миокарда. Понастоящем GWAS играе важна роля за определяне на генетичния фон на сложни заболявания с неизвестна етиология.

Какви са приликите между QTL и GWAS?

• Те разчитат на данните от ДНК последователности за анализа.
• И двете са свързани с генетичния произход на различни характери.
• Освен това те изискват инструменти за биоинформатика, за да извеждат и интерпретират резултатите.
• Правят се на големи популации.

Каква е разликата между QTL и GWAS?

QTL анализира фенотипните белези, свързани с полигенното наследяване, използвайки свързани генни локуси, докато GWAS анализира единични нуклеотидни полиморфизми на определено състояние, използвайки цели геномни последователности. По този начин, това е ключовата разлика между QTL и GWAS. QTL картографирането е сравнително по-малко сложна техника от GWAS, тъй като изисква цялостно секвенциране на генома.

По-долу инфографиката обобщава разликата между QTL и GWAS в табличен вид.

Обобщение - QTL срещу GWAS

QTL картографирането и GWAS играят основна роля за определяне на генетичния фон на различни фенотипни черти. Те също така помагат при анализа на генетичния фон на различни заболявания. QTL картографирането картографира свързващите гени, отговорни за непрекъснатите черти, а също така включва картографиране на гените за полигенно наследяване. GWAS, от друга страна, се извършва с анализ на целия геном за единични нуклеотидни полиморфизми. Освен това това се случва при по-голямо население. По този начин това е обобщението на разликата между QTL и GWAS.

справка:

1. Liu, Ruixian и др. „Анализ на GWAS и QTL идентификация на качествата на влакното и компонентите на добив в памук, използвайки обогатени SNP маркери с висока плътност.“ Frontiers in Plant Science, Frontiers Media S.A., 13 септември 2018 г., достъпен тук.
2. „GWAS Vs. Qtl картографиране? “ Последни публикации, достъпни тук.

С любезност на изображенията:

1. „Пример за QTL-сканиране за целия геном от PLoS Biology“ От - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Връзка на остеопороза с хромозома 20p12 и асоцииране с BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) през Wikimedia на Commons
2. „Ефекти на алелите на GWAS Disease“ От Буш WS и Мур JH - Bush WS, Moore JH (2012) Глава 11: Проучвания за асоцииране на генома. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) през Wikimedia на Commons