Разлика между сходство и идентичност при подравняване на последователности

Най- ключова разлика между сходството и идентичността в подравняването на последователността е това приликата е подобие (прилика) между две последователности в сравнение, докато идентичността е броят на знаците, които съвпадат точно между две различни последователности.

Биоинформатиката е интердисциплинарна област на науката, която включва предимно молекулярна биология и генетика, компютърни науки, математика и статистика. Изравняването на последователността е основен термин в биоинформатиката. Това е процедурата, при която последователностите на ДНК, РНК или протеин са подредени така, че да идентифицират области на прилика, което е следствие от функционална, структурна или еволюционна връзка между секвенциите. В края на подравняването те ще бъдат представени като редове в матрицата. За да се подравнят идентичните символи в последователни колони, между остатъците има вмъкнати празнини.

СЪДЪРЖАНИЕ

1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е сходство в подравняването на последователността
3. Какво е идентичност в подравняването на последователността
4. Прилики между сходство и идентичност при подреждане на последователност
5. Паралелно сравнение - сходство срещу идентичност при подравняване на последователност в таблична форма
6. Резюме

Какво е сходство?

Сходство в подравняването на последователността е приликата между две последователности в сравнение. Този факт зависи от идентичността на поредиците. Сходството изобразява степента, в която остатъците са подравнени. Следователно, подобни последователности съдържат подобни свойства. В биоинформатиката сходството е инструмент за оценка на подобието между два протеина.

Фигура 01: Сходство в подреждането на последователността

Има две основни стъпки към процеса на подравняване на последователността. Първоначалната стъпка е подравняване по двойки, което помага да се намери оптималното подравняване между две последователности (включително пропуски), като се използват алгоритми като BLAST, FastA и LALIGN. Съответстващият алгоритъм намира минималния брой операции за редактиране; in-dels и замествания, за да се приведе в съответствие една последователност с другата. След подравняване по двойки е необходимо да се получат два количествени параметъра от всяко двойно сравнение. Те са идентичност и сходство.

Какво е идентичност?

Идентичност при подравняване на последователности е броят на знаците, които съвпадат точно между две различни последователности. Следователно пропуските не се отчитат при оценка на идентичността. Измерването се счита за относително към по-късата последователност между двете последователности. Значително предполага, че има ефект, когато идентичността на последователността не е преходна. Ако X = Y и Y = Z, тогава X не е непременно равен на Z. Това се извежда по отношение на мярката за разстояние на идентичност.

Фигура 02: Идентичност при подравняване на последователности

Например, X има последователност на AAGGCTT, Y има последователност на AAGGC и Z има последователност на AAGGCAT. Идентичността между X и Y е 100% 5 еднакви нуклеотида / min [дължина (X), дължина (Y)]. Идентичността между Y и Z също е 100%. Но идентичността между X и Z е само 85% (6 идентични нуклеотида / 7).

Какви са приликите между сходството и идентичността в последователността?

• Както приликата, така и идентичността са два термина, които използваме при подравняване на последователности.
• Освен това те се позовават на приликата между двете последователности.
• Освен това ние ги изразяваме като процентна стойност.

Каква е разликата между сходството и идентичността в последователността?

Сходството в подравняването казва приликата между две последователности, когато се сравнява, докато идентичността в подравняването на последователности казва количеството знаци, които съвпадат точно между две различни последователности. Следователно, това е ключовата разлика между приликата и идентичността при подравняване на последователности.

Обобщение - Сходство срещу идентичност при подравняване на последователност

Изравняването на последователността помага да се идентифицират региони на прилика в ДНК, РНК или протеин, получени поради функционална, структурна или еволюционна връзка между секвенциите. Следователно сходството и идентичността са два ключови термина в контекста на подреждането на последователностите. Ключовата разлика между тези два термина е, че приликата е приликата между две последователности в сравнение, докато идентичността е броят на знаците, които съвпадат точно между две различни последователности. По този начин това е обобщението на разликата между прилика и идентичност при подравняване на последователности.

справка:

1. "Идентичност и сходство - количествена мярка." Идентичност и сходство - количествена мярка, налична тук.
2. "Последователност на подравняване." Последователност на подравняване - Bioinformatics.Org Wiki, Достъпно тук.

С любезност на изображенията:

1. „Филогения, базирана на привеждане в съответствие и без привеждане в съответствие“ От Kolekar Pandurang - Собствена работа (CC BY 3.0) през Wikimedia на Commons
2. „BLAST извадка от извадката“ от Fdardel - Собствена работа (CC BY-SA 3.0) през Wikimedia на Commons