Ал Кайда и талибански са отделни терористични групи от екстремистки мюсюлмани, които неправилно тълкуват принципите на
Ал Каида беше организирана официално в края на 80-те години от няколко висши ислямски лидери, включително Осама Бин Ладен, който осигури голяма част от финансирането си. Това започна като група за джихадисти (което означава борба по пътя на Бог) в Афганистан, известна като Мактаб ал-Хидмат или „служба за обслужване“ срещу афганистанците и Съветите и по-късно се развива и се разраства в глобално джихадично движение. Въпреки че това движение започна в Афганистан, до края на 2008 г. голяма част от членовете на Ал Кайда бяха базирани извън страната.
Съобщава се, че началото на талибаните е започнало като реакция срещу моджахедските военачалници и също е спонсорирано от „Транзитна търговия с Афганистан” за изчистване на южния път през Афганистан. Някои също така предполагат, че талибаните също са получили подкрепа от ЦРУ и ISI (Пакистанската разузнавателна агенция), за да се борят срещу Съветите. От 1994 г. до 1996 г. талибаните поемат контрола над 34 провинции. Следователно талибаните наложиха шериатския закон в Афганистан и с помощта на религиозните лидери в Пакистан затвърдиха повече власт и наложиха своите правила в граничещите с Пакистан райони.
Идеологията, следвана от членовете на Ал Кайда, се основава на закона на шериата. Някои предполагат, че съчиненията на Саяд Кутб или qutbism оказаха голямо влияние върху висшите лидери на Ал Кайда. Според кютбизма ислямът е начин на живот и тази идеология вярва в концепцията за нападателния джихад, който е въоръжена война за напредък на исляма.
Идеологията, следвана от талибаните, беше комбинация от законите на шериата и племенните кодове на пуштун, споделящи някои концепции за джихад, последвани от групата на Ал Кайда. Те спазваха много строг кодекс на поведение, забраняваха телевизията и видеоклиповете и принуждаваха мъжете и жените да спазват дрес-кода на талибаните и начина на живот на талибаните. Идеологията обаче се променяше с напредването на времето и по-късно повечето решения и закони бяха взети и приети само от Мула Омар.
Извършени са общо шест атаки на Ал Кайда, четири срещу Америка. Те включват бомбено нападение в Аден, Йемен през 1992 г., нападение над Световния търговски център в Ню Йорк, а след това в края на 90-те години в посолството на САЩ в Източна Африка, при което загинаха 300 души. Най-опустошителното нападение на Световния търговски център, Ню Йорк на 11 септември 2001 г. Ал Кайда също е участвала в нападения в Африка, Европа, Близкия Изток и Кашмир.
Талибаните придобиват власт през 1994 г. с превземането на град Кандахар и околните райони. Талибаните получиха подкрепа от Jamiat Ulema-e-Islam (JUI) в Пакистан. След като превзеха Кабул през 1996 г., талибаните наложиха шериатския закон в Афганистан, забрани видеофилмите, танците, подстригването на бради от мъже, а също така принудиха жените да обличат талибанския начин и да носят бурки. Сурови наказания бяха наложени на крадци и убийци от „религиозна полиция“. Талибаните оперираха в Афганистан и Пакистан, а членовете му се състоеха от различни пуштунски етнически племена и доброволци от други граничещи ислямски страни.
Талибаните се бият и с други религиозни екстремисти в Пакистан. Например, неотдавнашна история на Би Би Си подчертава нападение от талибаните на бойци, принадлежащи към лашкар-е-исляма в района на Хибер.
Счита се, че Ал Кайда е мрежа от слабо свързани терористични групи, а не сплотена организация със структурата на командване и контрол и постоянен кадър на терористите. Въпреки че няма много информация за Ал Кайда, идеята за нейната организация и управление на операциите беше предоставена на САЩ от бивш сътрудник на Осама бин Ладен в свидетелски показания. Според това висшата операция на Ал Кайда се ръководи от Осама бин Ладен и съветва от съвет, който се състои от 20-30 старши членове на Ал Кайда. Има различни комитети, които са създадени за управление на области като военни операции, бизнес, ислямско право и медии.
Правителството на талибаните е описано като загадъчно и диктаторско и е класифицирано като "алтернативно правителство". Няма политически партии и не се провеждат избори. Талибаните се оглавяват от Мула Мохамед Омар, а командирите му са до голяма степен медресе (образователна институция, преподаваща ислям) учители. Няколко шериата съдилища в цялата страна разглеждат търговски и граждански дела, включително събиране на данъци.