Fat32 и NTFS са създадени за проследяване на всички файлове на твърд диск. Fat (система за разпределение на файлове), създадена от Бил Гейтс и Марк Макдоналд, е по-възрастната от двете и е претърпяла много промени от първото си появяване през 1977 г. Броят обозначава броя на битовете, необходими за следене на файлове. Fat16 е стандартът за доста време, докато на пазара не пристигне твърд диск с капацитет по-голям от 4 GB, в който Fat32 е създаден.
От друга страна, файловата система NTFS се роди от файловата система HPFS, използвана от OS / 2, съвместна работа на IBM и microsoft. Когато сделката не продължи, някои от функциите в HPFS се появиха в NTFS, когато се появи за Windows NT платформата. Оттогава тя е разработена и се появява в по-нова версия на Windows като XP, Vista и скоро да бъде пусната Windows 7. Microsoft притежава патента на NTFS и по този начин не разкрива никакви подробности по отношение на файловата система, която прави само NTFS дискове четим за Windows системи за дълго време, въпреки че вече има някои Linux реализации, които са в състояние да имат достъп до NTFS дискове, но без изявените му функции.
Fat32 е много опростена и без пух система, която също е много документирана. Всъщност не прави много нищо, освен да следи къде се намират файловете. Ето защо тя се превърна във избор на файлова система за повечето преносими носители за съхранение като флаш устройства, mp3 плейъри и карти с памет.
Файловата система NTFS е точно обратната, предлагайки множество подобрения, които не само подобряват нейната производителност, но и нейната сигурност. Едно от тях е прозрачно компресиране на файл, което автоматично компресира файла, когато се записва на диска. Това потенциално може да освободи малко дисково пространство, но файловете могат да отнемат известно време да се заредят. Друг е дисковите квоти, при които системният администратор може да посочи каква част от диска може да използва определен потребител.
Изборът между файлови системи NTFS и FAT32 е сравнително лесна задача. Просто казано, NTFS е по-добрият вариант, когато искате да го разгърнете на компютърна система Windows. Не само заради подобренията на скоростта, но и поради множеството й функции. Не е препоръчително обаче за преносими носители, тъй като повечето устройства и други операционни системи имат затруднения или напълно не могат да получат достъп до NTFS устройствата.