Разлика между Benzonase и DNase

Ключова разлика - Бензоназа срещу DNase

Разграждането на нуклеиновите киселини е важно за много техники на молекулярна биология. Той се използва широко в рекомбинантната ДНК технология, за да се отърве от нежеланите фрагменти от ДНК и РНК. Ензимите, разграждащи нуклеиновата киселина, се наричат нуклеази и могат да бъдат от различни видове въз основа на необходимата функция. Нуклеазите, които разграждат ДНК, са известни като ДНКази, докато тези, които разграждат РНК, са известни РНК. Тези ензими се използват най-вече при инвитро експерименти, където в витро молекулярни тестове се провеждат за изолиране на чиста ДНК, РНК или протеини. Бензоназите са вид нуклеази, които разграждат както ДНК, така и РНК, докато ДНКазите разграждат само ДНК. Това е ключовата разлика между Бензоназа и DNase.

СЪДЪРЖАНИЕ

1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е Бензоназа
3. Какво е DNase
4. Прилики между Benzonase и DNase
5. Паралелно сравнение - Бензоназа срещу DNase в таблична форма
6. Резюме

Какво е Бензоназа?

Бензоназата е генетично разработена ендонуклеаза от Serratia marcescens. Този ензим се произвежда в E. coli домакини в индустриален мащаб. Бензоназата е способна да разцепва двуверижна ДНК, линейна ДНК, кръгова ДНК и едноверижна РНК. По този начин Бензоназа е от търговско значение. Ензимът бензоназа е протеинов димер, който има 245 еднакви аминокиселини, ~ 30 kDa субединици с две основни дисулфидни връзки. Бензоназата разцепва нуклеиновите киселини в нейния 5 'край и води до фрагменти със свободни 5' краища. Бензоназата може да разцепва нуклеиновите киселини във всяка последователност, но предпочита богати на GC региони.

Бензоназата се съхранява при -20 ⁰В. Оптималното рН за ензимната активност е 8,0 - 9,2. Приложенията на Benzonase включват подготовка на проби за протеинова 2D гел електрофореза, при която Benzonase премахва свързани нуклеинови киселини и отстраняване на замърсители на нуклеинова киселина от рекомбинантни протеинови препарати. Използва се също за намаляване на вискозитета на протеиновите екстракти и предотвратяване на струпване на клетки в клетъчна смес.

Какво е DNase?

DNase е нуклеазен хидролитичен ензим, който е способен да разцепва само двуверижна ДНК. Има два основни типа DNases: DNase I и DNase II. DNase I участва в разцепването на двуверижна ДНК за получаване на полинуклеотиди с 5 'свободни краища. DNase II участва в разцепването на двуверижна ДНК за получаване на полинуклеотидни нишки с 3 'свободни краища или надвеси.

DNase I

DNase I функционира при оптимално рН между 7.0 - 8.0. Ензимната активност зависи от много йонни кофактори, които включват, Ca²⁺, Mg²⁺ или Mn²⁺. Дейността на Mg²⁺ и Mn²⁺ решава функцията на DNase I. В присъствието на Mg²⁺, DNase I разцепва всеки кичур от dsDNA независимо. Това става по случаен начин. За разлика от това, в присъствието на Mn^2+, ензимът разцепва и двете нишки на ДНК на приблизително едно и също място. Това разцепване ще доведе до получаване на два вида фрагменти от ДНК; един тип с тъпи краища и друг тип с един или два нуклеотидни надвеси.

Фигура 02: DNase

ДНКаза II

Функциите на DNase II при оптимално pH от 4,5-5,0 и двувалентни метални йони са необходими за неговата активност, подобно на DNase I. Известно е, че механизмът на DNase II се състои от три основни стъпки.

В ДНК-гръбнака се индуцират множество единични скъсвания.
Получават се разтворими в киселина нуклеотиди и олигонуклеотиди.
Нелинейното хиперхромно изместване се случва в последната фаза.

Основните инхибитори на ензима DNase включват метални хелатори, преходни метали и химикали като натриев додецил сулфат и β - меркаптоетанол.

Основните приложения на DNase включват приготвяне на ДНК-свободни РНК екстракти и протеинови екстракти и отстраняване на шаблонната ДНК по време на експерименти за ин витро транскрипция..

Какви са приликите между бензоназата и DNase?

И двете са хидролитични ензими.
И двете са нуклеози.
И двете участват чрез разцепване на фосфодиестерните връзки на нуклеиновите киселини.
И двете изискват оптимално pH и температури на съхранение, за да поддържат активността на ензима.
Инхибиторите на ензимите включват хелатни агенти, преходни метали и перилни химикали.
Приложенията са насочени главно към получаване на екстракти с висока чистота на ДНК, РНК и протеини.
И двата ензима могат да бъдат произведени чрез генно инженерство.

Каква е разликата между бензоназа и DNase?

Бензонас срещу DNase
Бензоназата е ензим, който е способен да разцепва двуверижна ДНК, линейна ДНК, кръгова ДНК и РНК.	DNase е ензим, който е способен да разцепва двуверижна ДНК.
Субстрат за ензима
И ДНК, и РНК са субстрати за бензоназа.	ДНК е субстратът за DNase.
структура
Оптималният диапазон на pH на Бензоназа е 7,0 -8,0	Оптималните стойности на pH на DNase I са 7.0 - 8.0, а на DNase II са 4.5 - 5.0.

Обобщение - Бензоназа срещу DNase

Нуклеазните ензими са широко използвани в различни експериментални процедури по отношение на молекулярната биология и генното инженерство. Бензоназа и DNase са два вида нуклеази. Бензоназата участва в разграждането на ДНК и РНК, докато ДНКазата участва в разцепването на двуверижна ДНК. Това е основната разлика между бензоназата и DNase. Понастоящем и двата нуклеазни типа се произвеждат чрез рекомбинантна ДНК технология, която дава по-висококачествени ензими, оптимизирани за максимално производство.

Изтеглете PDF версия на Benzonase срещу DNase

Можете да изтеглите PDF версия на тази статия и да я използвате за офлайн цели, съгласно цитираната бележка. Моля, изтеглете PDF версия тук Разлика между Benzonase и DNase

Препратки:

1. „Деоксирибонуклеаза I от панкреас на говедата D5025.“ Sigma-Aldrich, Достъпно тук. Достъп до 19 септември 2017 г..
2. „Дезоксирибонуклеаза II.“ Deoxyribonuclease II - Ръководство за ензим Уортингтън, налично тук. Достъп до 19 септември 2017 г..

С любезност на изображенията:

1. „Свръхчувствителен сайт за ДНК” Ванг Y-M, Чжоу Р, Уанг L-Y, Li Z-H, Джан Y-N и др. - Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N и др. (2012) Корелация между разпространението на свръхчувствителен сайт на DNase I и генната експресия в клетките HeLa S3. PLOS ONE 7 (8): e42414. doi: 10.1371 / journal.pone.0042414 (CC BY-SA 2.5) през Wikimedia на Commons

Наука и природа