Разлика между секюмирането на Exome и РНК

Ключова разлика - последователност Exome срещу RNA
 

Секвениране на нуклеинова киселина е техниката, която определя реда на нуклеотидите в определен фрагмент от ДНК или РНК на организъм. Секвенирането е важно за идентифициране на състава на ДНК и РНК на клетката и разграничаване на определени гени, които кодират функционални протеини; по този начин, секвенирането може да се използва за разбиране на мутациите на тези гени и генни експресии. Сангер секвенирането метод или по-напредналите методи за последователно следващо поколение са методите на секвениране, които обикновено се използват. Exome секвениране е секвениране на пълния набор от екзони или кодиращи ДНК региони, присъстващи в организма, докато RNA секвенирането е процедура на секвениране на рибонуклеинови киселини (RNA). Това е ключовата разлика между секвенцията на exome и RNA.

СЪДЪРЖАНИЕ

1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е секвенирането на екзомите
3. Какво е РНК секвениране
4. Прилики между секвенирането на Exome и РНК
5. Паралелно сравнение - последователност Exome срещу RNA в таблична форма
6. Резюме

Какво е Exome Sequisting?

Exome е подмножество на генома, което се състои от кодиращите гени на определен организъм. Кодиращите гени се наричат ​​екзони и се транскрибират в мРНК и след това се превеждат в аминокиселинни последователности. По време на пост транскрипционни модификации механизмът на сплайсване на РНК в еукариотите премахва интроните (некодиращи региони) и екзоните остават. Има две основни техники, при които се прави секвенция на exome: базирана на решение и базирана на масив.

При разделяне на екзома на базата на разтвор, ДНК пробите се фрагментират с помощта на рестрикционни ензими или механичен метод и се денатурират от топлина. В тази техника се използват биотинилирани олигонуклеотидни сонди (примамки) за селективно хибридизиране с целеви региони в генома. За етапа на свързване се използват магнитни стрептавидинови топчета. Свързването е последвано от етап на промиване, при което несвързаните и нецелевите последователности се отмиват. След това свързаните цели се амплифицират с помощта на полимеразна верижна реакция (PCR) и след това се секвенират, използвайки Сангер секвениране или техники за секвениране на следващо поколение.

Фигура 01: Секвениране на прекалено много

Методът, базиран на масив, също е подобен на метода, базиран на разтвора, само че фрагментите на ДНК се улавят в микро масив и след това стъпките на свързване и промиване следват, преди да бъдат секвенирани.

Exome секвениране се използва в много приложения, като генетична диагностика на заболявания, в генна терапия, при идентифициране на нови генетични маркери, в селското стопанство за идентифициране на различни полезни агрономически черти и в размножаване на растения.

Какво е РНК секвениране?

РНК секвенирането се основава на транскрипта, който е пълният препис на клетката. Основните цели на последователността на РНК са да се каталогизират всички видове на транскрипта, включително иРНК, некодираща РНК и малка РНК, за определяне на транскрипционната структура на гените и количествено определяне на нивата на експресия на всеки транскрипт по време на развитието. По време на РНК секвениране, първоначално за секвениране са използвани технологии за хибридизация (които са комплементарна ДНК, получена от зрели последователности на мРНК). Понастоящем за секвениране на РНК се използва по-точна и усъвършенствана техника на преминаване.

Фигура 02: РНК секвениране

При секвенциране на РНК, проба от РНК, която може да бъде обща РНК или фракционирана РНК, се превръща в нейната допълваща ДНК (сДНК), използвайки обратна транскрипция, и се получава кДНК библиотека. Всеки фрагмент на cDNA е прикачен към адаптери от двете страни (двойно крайно секвениране) или от едната страна (еднократно секвениране). Тези маркирани последователности се секвентират, като се използва секвентиране на Сангер или следващо поколение, като exome секвениране.

Какви са приликите между секвенирането на Exome и РНК?

• Кратки подбрани фрагменти или целият набор от ДНК / РНК могат да бъдат използвани за Exome или RNA секвениране.
• Последователни фрагменти са запазени в библиотеките.
• Може да се използва по-сигурно секвениране или следващо поколение.
• И двете са in vitro методи за секвениране.
• Последователни фрагменти могат да бъдат определени чрез флуоресцентни маркери.

Каква е разликата между секвенирането на Exome и РНК?

Exome срещу RNA секвениране
Exome секвениране е секвениране на пълния набор от екзони или кодиращи ДНК области, присъстващи в организма.	РНК секвенирането се отнася до процедурата за секвениране на рибонуклеинови киселини (РНК); преписът.
Започване на проба
Геномната ДНК е изходната проба от екземно секвениране.	РНК е изходната проба от секвениране на РНК.
композиция
Това съдържа само кодиращи области от общата ДНК, известна като Екзони	Това съдържа РНК-мРНК / транскрипт.
Секвениране
Има два основни метода на последователност на exome; технологии базирани на решения и масив.	РНК секвенирането се извършва чрез получаване на кДНК библиотека чрез извличане на общата РНК или фрагментирана РНК.

Обобщение - Секвениране на Exome срещу RNA

Exome е пълният набор от кодиращи региони на организъм и техниките, участващи в определянето на точния нуклеотиден ред на Exome, са известни като екземно секвениране. РНК секвенирането е техниката, участваща в определянето на нуклеотидния ред на РНК на организма. Това е разликата между секвенцията на екзома и РНК.

Изтеглете PDF версия на секвенцията на Exome срещу RNA

Можете да изтеглите PDF версия на тази статия и да я използвате за офлайн цели, съгласно цитираната бележка. Моля, изтеглете PDF версията тук Разлика между Exome и RNA секвениране

Препратки:

1.Wang, Zhong и др. „RNA-Seq: революционен инструмент за транскриптика.“ Природни рецензии. Генетиката, Национална медицинска библиотека на САЩ, януари 2009 г., достъпна тук. Достъп 3 септември 2017 г..
2.Warr, Amanda, et al. „Секвениране на битовете: настояща и бъдеща перспектива.“ G3: Гени | Геноми | Генетика, Генетично общество на Америка, август 2015 г., достъпно тук. Достъп 3 септември 2017 г..

С любезност на изображенията:

1. „Exome Sequisting Workflow 1a” от Малачи Грифит, Джейсън Р. Уокър, Никълъс С. Шпиони, Бенджамин Дж. Айнскаф, Оби Л. Грифит - (CC BY 2.5) чрез Commons Wikimedia
2. “Journal.pcbi.1004393.g002” от SarahKusala - Собствена работа (CC BY 3.0) през Commons Wikimedia