Разлика между йерархично и секвенциране на пушки от цял геном
Share
Най- ключова разлика между йерархичното и цялостното секвенциране на пушки в целия геном е това при йерархично секвениране на пушка, геномът се разбива на по-големи фрагменти преди секвениране, докато при секвенцирането на пушка в целия геном целият геном е разбит на малки фрагменти за секвениране.
Секвенирането е важна техника в молекулярните процеси, особено при точното идентифициране на видовете. Всъщност това е техниката за идентифициране на точния ред на нуклеотидите в ген или геном. Има много техники за секвениране. Някои от тях включват метод Maxam Gilbert, метод Sanger и автоматизиран метод на Sanger.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е йерархично секвениране на пушка
3. Какво е секвенцирането на пушки в цял геном
4. Прилики между секвенцията на йерархична и пълна генома на пушка
5. Паралелно сравнение - Йерархично срещу последователно секциониране на пушка в цял геном в таблична форма
6. Резюме
Какво е йерархично секвениране на пушка?
Йерархичното секвениране на пушка е един метод на секвениране. Нарича се още „последователност отгоре надолу“. Освен това този метод се състои от два етапа: първият етап е амплификация на генома, а вторият етап е фрагментиране на генома. При този метод геномът се нарязва първо на големи фрагменти. Следва клониране на тези големи фрагменти в различни гостоприемници с помощта на вектори или изкуствени хромозоми. След това тези рекомбинантни вектори се подреждат в библиотека. По време на секвенирането на пушката рекомбинантните векторни клонове се подлагат на секвениране поотделно. Фрагментите в клоновете претърпяват рестрикционно храносмилане за по-нататъшно намаляване на размера на генома, като по този начин се подлагат на секвениране.
Фигура 01: Йерархично секвениране на пушка
По време на йерархично секвениране на пушката, големите парчета фрагменти трябва да бъдат подредени по ред, преди секвенцията на пушката. То се осъществява с помощта на молекулярните маркери, които са включени по време на процеса на клониране.
Йерархичното секвенциране на пушката създава карта с ген с ниска разделителна способност. Но създава карта на подредени последователности. По този начин отнема по-голяма продължителност от директното секвениране. Целият процес се забавя поради създаването на рекомбинантна векторна библиотека. Това също е трудоемка техника. В момента обаче техниката е автоматизирана, за да се улесни работата.
Какво е секвенцирането на пушки в цял геном?
Прякото секвенциране на цели геноми на пушка е процес на последователно секвениране в една стъпка. В този процес на първо място се извършва срязването на целия геном. Следвайки това, всеки от тези малки фрагменти се подлага на последователно секвениране. След приключване на секвенирането се извършва анализ на последователностите. По време на анализа на последователности, припокриващите се последователности се отстраняват и анализът не е подреден процес. Следователно, сглобяването на последователности е по-малко ефективен процес в сравнение с йерархичното секвениране на пушка. Процесът на секвениране на пушки в целия геном обаче е по-бърз и анализът на целия геном може да се извърши в един случай.
Какви са приликите между йерархичното и секвенцирането на пушки от цял геном?
- Йерархичното и секвенцирането на пушки от цели геноми са два подхода на последователност.
- И двете се подлагат на Сангер секвениране или автоматизирани методи на секвенциране на Sanger.
- Те участват в секвениране на ДНК и РНК фрагменти.
- Освен това и двата метода са важни в молекулярната диагностика и изследователските цели.
- В момента и двете техники са автоматизирани или базирани на компютър.
- И двете техники разчитат на фрагментирането на генома.
Каква е разликата между йерархичното и секвенцирането на пушки от цял геном?
Йерархичното секвенциониране на пушка генерира фрагменти с по-голям размер в сравнение с последователността на пушки с цели геноми, която работи с малки фрагменти от последователности. И така, това е ключовата разлика между йерархичното и цялостното секвенциране на пушки в генома. Освен това йерархичното секвенциране на пушката се състои от два основни стъпки, докато последователността на пушката с цели геноми разчита на една основна стъпка.
Освен това, друга разлика между йерархичното и секвенцирането на пушки в целия геном е, че разделителната способност е по-висока при секвенцирането на пушка в цял геном в сравнение с йерархичното секвенциониране на пушка..
По-долу инфографиката обобщава разликата между йерархично и цялостно секвенциране на пушки в генома.
Обобщение - секвенциране на йерархични срещу цели геноми
Йерархично и цялостно геномно секвенциониране на пушки са две техники за секвениране на големи геноми. Йерархичната последователност на пушка е двуетапен процес на секвениране, при който геномът е разбит на по-големи фрагменти. За разлика от тях, секвенцирането на пушки с цели геноми е едноетапно секвенциране, при което геномът е разбит на малки фрагменти и директно секвениран. По този начин, това е ключовата разлика между йерархичното и цялостното секвенциране на пушки в целия геном. Освен това техническите аспекти могат да варират между двете техники.
справка:
1. Waterston, Robert H et al. „За секвенирането на човешкия геном.“ Сборник на Националната академия на науките на Съединените американски щати, Националната академия на науките, 19 март 2002 г., достъпен тук.
2. Pal, Shital. „Секвенциране на геном“. LinkedIn SlideShare, 4 ноември 2014 г., достъпен тук.
С любезност на изображенията:
1. „Секвениране на цели геноми на пушка срещу йерархично секвениране на пушка“ От Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Методи на изчислителна биология и тяхното приложение към сравнителната геномия на ендоцелуларните симбиотични бактерии от насекоми“. Biol. Процедури онлайн (2009). Достъп до SpringerImages (CC BY-SA 2.5) чрез Wikimedia на Commons
