Разлика между PCR праймери и секвениращи грундове
Share
Ключова разлика - PCR Primerers vs Секвениране грундове
С последните разработки в областта на молекулярната биология бяха разработени различни генетични техники, които направиха лесни и точни изследователските процеси на различни аспекти на темата. PCR и други процедури за секвениране са две важни такива техники. Те използват различни подкомпоненти. Праймерите се считат за основен подкомпонент, общ за двете PCR и техники за секвениране. PCR праймерите се използват за амплификация на определена ДНК последователност, докато sизравняващи праймери се използват в контекста на секвениране на ДНК фрагмент с намерение да се разкрие неговия специфичен ред на нуклеотидната последователност. Това е ключова разлика между PCR праймери и секвениращи праймери.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Преглед и ключова разлика
2. Какво са PCR праймери
3. Какво представляват секвениращите грундове
4. Прилики между PCR праймери и секвениращи праймери
5. Паралелно сравнение - PCR грундове срещу секвениране на праймери в таблична форма
6. Резюме
Какво представляват PCR праймерите?
Полимеразна верижна реакция (PCR) е генетична техника, която се използва в областта на молекулярната биология с цел да се амплифицират едно или няколко копия на определен ДНК сегмент и да се получат много милиони еднакви копия. В PCR реакция се използват различни компоненти, включително праймери. Праймерите са къси нишки на ДНК с нуклеотидна дължина 18-25, което ги прави съвместими с началния и крайния участък на ДНК фрагментите, които трябва да бъдат амплифицирани. Грундовете могат да бъдат преден грунд и обратен грунд. Тези праймери се свързват с фрагмента на ДНК в специфичните точки, където прави ДНК полимеразата да се свързва със специфичния праймер на мястото и инициира синтеза на новата ДНК верига.
Изборът на праймери е важен аспект на PCR процеса. Изборът на дължината на грунда е важен. Идеалната дължина би била 18-25 нуклеотида. Ако дължината е твърде къса или твърде дълга, праймерите няма да се свързват с ДНК последователността, за да се амплифицират точно. Праймерите, които са с твърде къса дължина, водят до неспецифично отгряване на праймерите на различни места от последователността на ДНК.
Фигура 01: PCR праймери
Съдържанието на Гуанин и Цитозин (GC) в добър грунд трябва да бъде в границите 40-60. Температурата на отваряне на грунд и температурата на топене са жизненоважни фактори по време на PCR. Температурата на топене трябва да се изчисли точно, а температурата на отгряване на грунда трябва да бъде 5 0С по-ниска от температурата на топене. Температурата на топене трябва да бъде 60 ° C и 75 ° C. Прекалено високите или твърде ниските температури ще доведат до по-малко активна активност на ДНК полимераза.
Какво представляват секвениращите грундове?
Секвениращите праймери се използват в контекста на секвениране на ДНК фрагмент с намерение да се разкрие неговата специфична идентичност. За да се получат добри резултати от секвениране, са важни висококачествените грундове и шаблони. По този начин, когато са избрани праймерите, те трябва да са уникални за определен регион, в който искаме да се последователно. То също трябва да бъде с правилна ориентация, където последователностите обикновено се генерират от 3 'до 5' края на праймерите. Последователността трябва да липсва нежелана автохибридизация, като например образуването на бримки за коса. Той не трябва да съдържа последователно формиране на бази на Гуанин.
Температурата на топене (Tm) на грунда трябва да е подходяща за условията на секвениране. Следователно тя трябва да лежи между 52оС и 74оВ. Приготвянето на олигонуклеотиди, които да се използват като праймер, трябва да се пречисти, за да се получи желаната пълна дължина на последователността. Ако олигонуклеотидите съдържат примеси, сигнализацията на последователността на праймер ще бъде наслагвана от различни сайтове за грундиране и също така ще намали броя на базовите клетки.
Фигура 02: Поредни грундове
Температурата на топене на праймера (Tm) на олигонуклеотид определя колко силни са комплементарните ДНК вериги хибридизирани помежду си. Tm може да се разглежда като термодинамично изчисление, когато зависи както от ДНК последователности, така и от няколко условия, като концентрация на сол. Tm е важен по време на PCR, където вариант, наречен цикъл на секвениране, се използва за получаване на група фрагменти, завършени с дидеоксинуклеотид. Тук грундът, който е секвениран, първоначално ще бъде отпален алтернативно, след това удължен и последно денатуриран за амплификация. Следователно стойността на Tm трябва да бъде между 52оС и 74о В. Синтезирани олигонуклеотиди могат да бъдат получени от лаборатории за синтез на ДНК / РНК по избор. Малкият мащаб на синтеза, който се използва за секвениране на ДНК, обикновено е 50 nmol. Освен това най-важно е праймерите, използвани за секвениране, да бъдат пречистени, за да не съдържат примеси, които ще предотвратят намаляването на качеството.
Какви са приликите между PCR праймерите и секвениращите праймери?
- Както PCR праймерите, така и секвениращите праймери са праймери, които се използват в процеса на амплификация на целенасочена ДНК последователност.
- Както PCR праймерите, така и секвениращите праймери са съставени от нуклеотиди.
- Както PCR праймерите, така и секвениращите праймери са къси олигомери.
Каква е разликата между PCR праймери и секвениращи праймери?
PCR праймери срещу секвениране на праймери | |
| PCR праймери са къси нишки на ДНК с нуклеотидна последователност с дължина 18-25, което ги прави съвместими с началния и крайния участък на ДНК фрагментите, които трябва да бъдат амплифицирани. | Секвениращите праймери са къси олигомери, които се използват в контекста на секвениране на ДНК фрагмент с намерение да се разкрие неговата специфична идентичност. |
| функция | |
| PCR праймерите се използват за амплификация на определена ДНК последователност. | Секвениращите праймери се използват в контекста на секвениране на ДНК фрагмент с намерение да се разкрие неговата специфична идентичност. |
| Брой необходими грундове | |
| Два праймера; един преден грунд и един обратен грунд се използват като PCR праймери. | Нуждаете се само от един грунд като последователен грунд. |
резюме - PCR Primers vs Секвениране грундове
Секвениращите праймери се използват в контекста на секвениране на ДНК фрагмент с намерение да се разкрие неговата специфична идентичност. Един последователен грунд ще бъде достатъчен за стартиране на процеса. За да получите добри резултати от секвениране, са важни праймери и шаблони с високо качество. По този начин, когато са избрани праймерите, те трябва да са уникални за определен регион, в който искаме да се последователно. PCR праймери са къси ДНК вериги с нуклеотидна дължина 18-25, която е съвместима с началния и крайния участък на ДНК фрагментите, които трябва да бъдат амплифицирани. PCR праймерите могат да бъдат преден грунд и обратен грунд. Съдържанието на Гуанин и Цитозин (GC) в добър грунд трябва да бъде в границите 40-60. Температурата на отваряне на грунд и температура на топене са жизненоважни аспекти по време на PCR. Това е разликата между PCR праймери и секвениращи праймери.
справка:
1. "Полимеразна верижна реакция (PCR)." Академия Хан. Налични тук
2. "Секвениране на грундове и дизайн на грунд." Секвениране на грундове и дизайн на грунд | Университетски основни ДНК услуги | Университет в Калгари. Налични тук
С любезност на изображенията:
1.'Primers RevComp'By Zephyris - Собствена работа, (CC BY-SA 3.0) през Commons Wikimedia
2.'ДНК методи на етикетиране на секвенцин 3 'от Абизар (оригинален качител) в английската Уикипедия - Прехвърлено от Густавокара., (Public Domain) чрез Wikimedia на Commons
