Разлика между сонда и грунд

Ключова разлика - сонда срещу грунд
 

Молекулярната сонда е малък фрагмент от ДНК или РНК, който разпознава комплементарните последователности в ДНК или РНК и позволява идентифициране на целевата последователност. Праймерът е малък участък от ДНК или РНК, който служи като отправна точка за синтеза на ДНК. Праймерите и пробите се хибридизират с комплементарните нуклеотиди на шаблонната ДНК или целевата ДНК. Ключовата разлика между сондата и грунда обаче е тази праймерите са необходими за репликация на ДНК, докато сондите са необходими за откриване на специфични последователности в пробата ДНК.

СЪДЪРЖАНИЕ
1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е сонда
3. Какво е грунд
4. Паралелно сравнение - сонда срещу грунд
5. Резюме

Какво е сонда?

Пробата е малък фрагмент от ДНК или РНК, използвани за откриване на целевата ДНК или РНК в пробата чрез молекулярна хибридизация. Те също са известни като молекулярни маркери. Дължината на сондата може да варира (100 до 1000 бази), а пробните нуклеотиди са допълващи частта от целевата последователност. За улеснение на откриването, сондите се маркират с радиоактивни изотопи или с флуоресцентни багрила или антитела. Сондите се свързват с комплементарните основи на целевата последователност и разкриват присъствието на целевата ДНК или РНК в пробата. Има два основни метода за етикетиране на сондите: крайно етикетиране и превод на ник. Сондите са категоризирани в различни видове, включително ДНК сонди, РНК сонди, cDNa сонди и синтетични олигонуклеотидни сонди, и те се приготвят с помощта на различни техники.

Сондите са важни инструменти в много микробни и молекулярни области като вирусология, криминалистична патология, тестване на бащинство, отпечатване на ДНК, откриване на генетични заболявания, RFLP, молекулярна цитогенетика, на място хибридизация и др.

Фигура 01: Флуоресцентно маркирана сонда, използвана в FISH за откриване на патогени

Какво е грунд?

Праймерът е къс ДНК или РНК фрагмент, който служи като инициатор за синтеза на ДНК. Ензимът на ДНК полимераза добавя нуклеотиди към 3 'ОН групата на праймерната последователност и синтезира новата верига, допълваща ДНК-матрицата. Праймерите са много къси фрагменти с дължина от 18 до 20 нуклеотиди. Те са химически синтезирани в лабораторията за инвитро ДНК амплификация (PCR). Праймерите могат да имат произволна последователност от нуклеотиди, тъй като са проектирани от потребителя. Те са синтезирани така, че да съвпадат с допълващи се основи на шаблонната ДНК. Следователно, тя може да има произволна последователност от нуклеотиди. Праймерите са от изключително значение за репликацията на ДНК, тъй като ДНК полимеразата не може да синтезира нова ДНК без предварително съществуващо парче ДНК. При проектирането на праймерите за PCR трябва да се вземат предвид следните неща:

• Праймерите трябва да съдържат комплементарните нуклеотиди до страничния край на ДНК, който иска да се амплифицира.
• Праймерите трябва да имат температура на топене между 55 - 65 ⁰° С
• Съдържанието на G и C трябва да бъде между 50 и 60%.

Два праймера се използват в PCR като напред и назад, за да се репликират и двете нишки на ДНК на пробата. Праймерите обикновено се използват за извършване на PCR и ДНК секвениране.

Фигура 02: Предварително отгряване в PCR

Каква е разликата между Probe и Primer?

Проба срещу грунд
Пробата е малък фрагмент от ДНК / РНК, използван за откриване на присъствието на целевата последователност в пробата чрез молекулярна хибридизация.	Праймерът е малък участък от ДНК или РНК, който служи като отправна точка за репликацията на ДНК.
функция
Това открива наличието на специфична последователност в пробата на ДНК или РНК.	Това действа като отправна точка за синтеза на ДНК.
дължина
Дължината може да бъде в диапазона от 100 - 1000 бази	Дължината обикновено е около 18 - 20 бази
Обвързване с допълваща последователност
Сондата хибридизира с допълващите основи на целевата последователност	Грундът се изгаря с допълващите основи на нишките на ДНК.
Етикетиране
Сондите са етикетирани за лесно откриване	Праймерите обикновено не са етикетирани
Използване в PCR
Сондите не се използват в PCR	Праймерите се използват в PCR

Обобщение - сонда срещу грунд

Пробата е малък фрагмент от ДНК или РНК последователност, който може да се хибридизира с допълнителни нуклеотиди, за да открие целева последователност в пробата. Сондите са белязани радиоактивно, имунологично или флуоресцентно, за да се види наличието на целева последователност. Праймерът е много малък фрагмент от ДНК или РНК, които действат като отправна точка за инвитро ДНК амплификация. ДНК полимераза идентифицира 3 'OH група грунд и инициира изграждането на нова верига, допълваща шаблона. Сондите и праймерите действат по подобен начин чрез хибридизиране с комплементарни нуклеотиди. По този начин, основната разлика между сондата и грунда е основната им функция.

справка:
1. "Праймер (молекулярна биология)." Wikipedia. Фондация Уикимедия, 02 февруари 2017. Мрежата. 01 март 2017 г..
2. "Сонда за хибридизация." Wikipedia. Фондация Wikimedia, 30 декември 2016 г. Web. 01 март 2017 г.
3. "Праймер (молекулярна биология)." Грунд (молекулярна биология) - ScienceDirect Topics. N.p., n.d. Web. 01 март 2017 г.

С любезност на изображенията:
1. „РИБИ за идентифициране на бактериален патоген“ от Пепепс Тогопик Иван Акира Магнус Мански Timothy W. Ford - (CC BY-SA 3.0) през Commons Wikimedia
2. “Primers RevComp Melted2” от Ричард Уилър (Zephyris) - Собствена работа (CC BY-SA 3.0) през Commons Wikimedia