Разлика между случайни грундове и Oligo dT

Най- ключова разлика между произволни праймери и олиго dT е това случайният праймер е смес от всички възможни хексамерни олигонуклеотидни последователности, докато олиго dT праймерът се състои от едноверижен участък от 12-18 дезокситимидини.

Обратната транскрипция е механизъм, при който кДНК може да се синтезира, като се използва мРНК или всякакъв вид РНК. За да се получи сДНК, трябва да се осигури ензим на обратната транскриптаза и други необходими компоненти, особено шаблон и праймери. Праймерите са късите ДНК последователности, специално проектирани за амплификация на целевите последователности. Случайни праймери и олиго dT праймери са два често използвани типа праймери, използвани при обратната транскрипция. Следователно, случаен праймер или олиго dT праймер са къси ДНК олигонуклеотидни последователности, необходими за обратната транскриптаза за иницииране на обратна транскрипция. В зависимост от шаблона на РНК, подходящият грунд може да бъде избран от тези два типа грунд.

СЪДЪРЖАНИЕ

1. Преглед и ключова разлика
2. Какво са случайни грундове 
3. Какво е Oligo dT
4. Прилики между случайни праймери и Oligo dT
5. Паралелно сравнение - случайни грундове срещу Oligo dT в таблична форма
6. Резюме

Какво представляват случайните грундове?

Случайният праймер е смес от олигонуклеотиди, представляващи всички възможни хексамерни последователности. Последователността на грунд на случаен праймер е 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T или C. Следователно, случайни праймери могат да бъдат използвани за амплификация на едноверижна ДНК или РНК чрез ДНК полимераза или обратна транскриптаза, съответно. Освен това, случайна праймерна смес е способна да амплифицира всички региони на РНК, за да генерира cDNA. По този начин, той произвежда различни дължини на cDNA.

Фигура 01: Случайни грундове

Най-важното е, че случаен грунд сместа не показва специфичност на шаблона. Не е в състояние да разграничи тРНК и други видове РНК. И той отгрява с всеки вид РНК в пробата. Въпреки това, случайна праймерна смес е подходяща за обратна транскрипция на РНК без поли (А) опашки, като рРНК, тРНК, некодиращи РНК, малки РНК, прокариотна тРНК и др., Деградирана РНК и РНК с известни вторични структури.

Какво представлява Oligo dT?

Oligo dT грунд е участък от 12 - 18 дезокситимин (dT). Последователността на грунд може да бъде представена като 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Използва се за производството на кДНК от мРНК, съдържаща поли (А) опашка. По принцип той действа като праймер за реакцията, катализирана от обратната транскриптаза. По време на обратната транскрипция, олиго dT праймер отгрява с полиаденилирана опашка, намираща се в 3 'края на повечето еукариотни мРНК и стартира процеса.

Фигура 02: Обратна транскрипция с помощта на Oligo dT Primer

За разлика от случаен праймер, олиго dT праймер не е подходящ за разградена РНК или РНК, при която липсват поли (А) опашки, включително прокариотна РНК и микроРНК.

Какви са приликите между случайни праймери и Oligo dT?

• Случайният праймер и олиго dT праймер са два вида праймери, които се използват в обратна транскрипция и изработване на cDNA.
• Използването на произволен праймер и oligo dT праймер заедно повишава чувствителността на синтеза на cDNA.
• Те са едноверижни къси нуклеотидни последователности.

Каква е разликата между случайни грундове и Oligo dT?

Случайният праймер е кратка олигонуклеотидна последователност, съставена от произволна последователност. Междувременно, олиго dT праймер е къс кичур, съставен от 12 до 18 деокситимидини. И така, това е ключовата разлика между произволни праймери и олиго dT. Последователността на случаен праймер е 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T или C. Като има предвид, че последователността на олиго dT праймер е 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' , Следователно, можем да разгледаме това като друга разлика между произволни праймери и олиго dT.

Освен това, случайните праймери не показват специфичност на шаблона и те се отгряват с всеки вид РНК, докато олиго dT праймерите показват специфичност за поли (А) опашки от еукариотична тРНК.

Инфографиката по-долу обобщава разликата между произволни праймери и олиго dT.

Обобщение - Случайни грундове срещу Oligo dT

Случайният праймер и олиго dT праймер са два вида праймери, използвани в синтеза на кДНК. Случайният праймер се състои от смес от олигонуклеотиди, представляващи всички възможни хексамерни последователности, докато олиго dT праймер е едноверижна последователност от 12 до 18 дезокситимидини. И така, това е ключовата разлика между произволни праймери и олиго dT. Освен това, олиго dT праймери са полезни за обратната транскрипция на РНК с пълна дължина с поли (А) опашка, докато случайните праймери са полезни за обратната транскрипция на повечето видове РНК, включително деградирана РНК, РНК, на която липсват поли (А) опашки и РНК, съдържаща вторични структури. Следователно, случайният праймер не показва специфичност на шаблона, докато олиго dT праймер показва специфичност към еукариотична мРНК, съдържаща поли (А) опашка.

справка:

1. "Настройка на обратната транскрипция: Thermo Fisher Scientific - САЩ." Настройка на обратната транскрипция | Thermo Fisher Scientific - САЩ, наличен тук.

С любезност на изображенията:

1. “Primers RevComp” от Zephyris - Собствена работа (CC BY-SA 3.0) през Wikimedia на Commons
2. „RT PCR Model“ от Lokeshthimmana - Собствена работа (CC BY-SA 4.0) през Wikimedia на Commons