Разлика между shRNA и siRNA

shRNA срещу siRNA

По време на процеса на интерференция на РНК (RNAi) експресията на целевия ген се събаря с висока специфичност и селективност. RNAi е естествен процес и включва малка интерферираща РНК (siRNA) и РНК с къс косъм (shRNA) и бифункционална шРНК. В момента RNAi е широко използван като инструмент за персонализирана терапия на рака. Приложенията на RNAi се извършват основно с химически синтезирани двуверижни siRNA и векторни базирани shRNA молекули. Въпреки че тези две молекули имат сходни функционални резултати, те се различават по своята структура; по този начин молекулните механизми на действие, пътищата на РНК и ефектите на тези две молекули също се различават.

shRNA

shRNA е последователност от малка РНК молекула, която прави стегнат завъртане на закопчалката, която може да се използва за заглушаване на експресията на целевия ген по време на RNAi. Експресията на shRNA се постига чрез вектор, който може да бъде или вирус, или бактерия, или чрез доставяне на плазмиди. Те се синтезират в ядрото на клетките и се транспортират до цитоплазмата за по-нататъшни процеси. Тези молекули имат сходни пътища на зреене на miRNA; по този начин синтезът на miRNA предостави основата за разбиране на синтеза на шРНК. Или РНК полимераза II или III може да транскрибира shRNA чрез РНК полимераза II или III промотори. Предимството на използването на шРНК е, че те имат относително ниска скорост на разграждане и оборот. Недостатъкът е, че се нуждае от експресионен вектор, което може да причини някои проблеми с безопасността.

миРНК

siRNA са двуверижни РНК молекули, съставени от 20-25 25 базови двойки по дължина. Те се използват за генна супресия чрез заглушаване на всеки ген с комплементарна нуклеотидна последователност в RNAi пътя. Генетичното унищожаване чрез трансфекция на siRNA често е неуспешно поради преходния ефект; особено при бързо делящите се клетки и потискането не трае по-дълго. За да се преодолее този проблем, siRNA се модифицира чрез въвеждане на структура на къса коса. Тази модифицирана молекула тогава известна като shRNA. shRNA трябва да се преобразува в siRNA от Dicer, за да продължи нормалната си функция.

Каква е разликата между shRNA и siRNA?

• За разлика от siRNA, shRNA има допълнителна структура на космите. shRNA е модифицирана версия на siRNA.

• shRNA изисква експресионен вектор, докато siRNA не.

• shRNA може да се използва за дългосрочно нокдаун, докато siRNA може да се използва само за краткосрочно унищожаване на гени.

• За разлика от генното потискане на siRNA, потискането на shRNA е дълготрайно и ако се вмъкне чрез подходящ вирусен вектор, може да предизвика постоянен ефект на заглушаване на ген.

• Изисква се по-добро преобразуване на шРНК обратно в молекула на siRNA, за да изпълнява нормалните си функции.