Разлика между секвениране на целия геном и секвениране на екзома

Най- ключова разлика между секвенцията на целия геном и секвенцията на екзомите е, че цели геномни секвенциониращи последователности на целия геном на организма, докато екземумните секвенциониращи секвенции само екзомите или кодиращите протеини гени на организма.

Секвенирането е техника, която определя точния ред на нуклеотидите в определена молекула на ДНК. Той просто отразява правилния ред на четирите бази; аденин (А), гуанин (G), цитозин (С) и тимин (Т) в ДНК фрагмент. Има няколко метода на секвениране като Сангер секвениране, секвенция от следващо поколение и др. Освен това, или пълният геном на организма (секвениране на цял геном), или само протеин-кодиращите гени в генома (exome секвениране) могат да бъдат подложени на секвениране.

СЪДЪРЖАНИЕ

1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е секвенцирането на целия геном
3. Какво е секвенирането на екзомите
4. Прилики между секвениране на цял геном и секвениране на екзома
5. Едно до друго сравнение - Цялостно секвенциране на генома срещу секвенорно преместване в таблична форма
6. Резюме

Какво е секвенцията на целия геном?

Човешкият геном съдържа почти три милиарда базови двойки ДНК. Цялото секвенциране на генома е метод, който секвентира пълния геном на организма. Следователно, при цялостното секвенциране на генома, вниманието е върху цялата колекция от ДНК молекули, включително доходи, интрони, интергенни пространства и др. Освен това, целите последователности на генома не само на генома, който се намира в ядрото, но и на митохондриалната ДНК..

Фигура 01: Секвениране на целия геном

При подготовката за това секвениране първата стъпка е да се извлече цялата ДНК. След това, екстрахираната ДНК се подлага на процедура за секвениране, като се използва подходящ метод за секвениране. Анализирайки получените последователности, използвайки инструмент за биоинформатика, можем да открием редките заболявания, рака, инфекциозните заболявания и т.н..

Какво е Exome Sequisting?

Exome е част от генома, която съдържа около 1,5% от генома и представлява колекцията от екзони. Екзоните са последователностите, които се транскрибират в иРНК и след това до крайния протеинов продукт. Следователно, exome секвениране на последователности на всички протеино-кодиращи последователности в генома. При секвенирането се откриват генетичните нарушения, тъй като повечето от генетичните разстройства възникват поради мутациите на кодиращите протеини гени. Следователно, диагностичните процеси на генетични разстройства често използват exome секвениране като метод за диагностициране на болестта. Освен това, когато се сравнява с цялото приложение за секвениране на геноми за генетично тестване, екземумалното секвениране отнема по-малко време и е по-евтино.

Фигура 02: Секвениране на прекалено много

При exome секвениране, първо, е необходимо да се избират само протеиновите кодиращи последователности от общата ДНК. Обърнете внимание, че хората имат около 180000 протеино-кодиращи последователности. След това, exome се секвенира, като се използва метод за секвениране с висока пропускателна способност.

Какви са приликите между секвенцирането на цял геном и секвенирането на екзомите?

• Цялостно геномно секвениране и екземно секвениране са две приложения на секвениране.
• И двата метода са полезни при определяне на правилния ред на нуклеотидната последователност и при двата метода.
• Също така биоинформатиката помага и в двете техники за анализ на данни.

Каква е разликата между секвенцирането на целия геном и секвенирането на екзома?

Цялостно секвенциране на геном секвенцира цялата ДНК на генома на организма, докато екземно секвениращите секвенции само кодират протеиновите последователности от генома. Следователно, това е фундаменталната разлика между секвенцията на целия геном и секвенцията на екзомите. Освен това, въпреки че и двата метода са широко използвани за определяне на правилния ред на нуклеотидната последователност, цялото секвенциране на генома е скъпо и отнема много време от секвенцията на exome.

Инфографиката по-долу показва таблицата на разликата между секвенцията на целия геном и секвенцията на екзомите.

Обобщение - Цялостно секвенциране на геном срещу секвениране на екзома

Последователността разкрива точния ред на базите в ДНК фрагмент и може да бъде или цялостно секвенциране на генома, или екземно секвениране. Тук цялата секвенция на генома секвентира пълния геном на организма, докато секвенциите на екземите само генетично кодиращи последователности в генома. Като се имат предвид техните приложения, цялата секвенция на генома е полезна при анализа на генетичните аберации като единични нуклеотидни вариации, делеции, инсерции и др. В целия геном, докато секвенцията на екзома е полезна при откриване на генетичните заболявания. Следователно, това е разликата между секвенцията на целия геном и секвенцията на екзомите.

справка:

1. „Цялостно геномно срещу целократно секвениране спрямо целеви секвениращи панели.“ Healio, SLACK Incorporated. Налични тук  
2. „Какво представляват секвенцирането на цели и всички геноми? - Генетична справка за дома - NIH. " Национална медицинска библиотека на САЩ, Национални здравни институти. Налични тук  

С любезност на изображенията:

1. „Секвениране на цели геноми на пушка срещу йерархично секвенциониране на пушка“ От Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Методи на изчислителна биология и тяхното приложение към сравнителната геномия на ендоцелуларните симбиотични бактерии от насекоми“. (CC BY-SA 2.5) през Wikimedia на Commons  
2. „Exome Sequisting Workflow 1a” от SarahKusala - Собствена работа, (CC BY 3.0) през Commons Wikimedia