Разлика между AFLP и RFLP

Ключова разлика - AFLP срещу RFLP

ДНК изследванията имат огромно значение за разбирането и определянето на филогенетични връзки, диагностицирането на генетични заболявания и картографирането на геномите на организма. Няколко техники, свързани с ДНК анализ, също се използват за идентифициране на определен ген или ДНК последователност в пул с неизвестна ДНК. Те са известни като молекулярни маркери. Полиморфизъм с усилен фрагмент (AFLP) и Полиморфизъм с дължина на ограничения фрагмент (RFLP) са два такива молекулярни маркера (методи), разработени в молекулярната биология за откриване на генетична промяна между организмите. И двата метода са еднакво важни и имат предимства и недостатъци. Ключовата разлика между AFLP и RFLP е тази AFLP включва селективно PCR амплифициране на смиланата ДНК, докато RFLP не включва селективно PCR амплифициране на ДНК фрагментите.

СЪДЪРЖАНИЕ
1. Преглед и ключова разлика
2. Какво е AFLP
3. Какво е RFLP
4. Паралелно сравнение - AFLP срещу RFLP
5. Резюме

Какво е AFLP?

AFLP (Полиморфизъм с дължина на усилен фрагмент) е важен инструмент в молекулярната биология и се използва широко в анализа на генетичните вариации. AFLP се основава на специфичното PCR амплифициране на фрагментираната геномна ДНК и откриване на полиморфизма чрез авторадиографи чрез гел електрофореза. AFLP допринася широко за идентифициране на генетични различия в щамове или тясно свързани видове от различни царства, включително растения, животни, бактерии и гъби. AFLP може да се извърши с малки количества неизвестни ДНК проби. Не изисква предварително познаване на последователността и проектиране на сонди.

Стъпки на AFLP

Изолиране на ДНК
Разграждането на ДНК с рестрикционни ендонуклеази
Лигиране на ограничените фрагменти на ДНК с адаптери
Селективно амплифициране на фрагментите със специфични рестрикционни сайтове
Разделяне на PCR продуктите чрез гел електрофореза
Визуализация на гел матрицата чрез авторадиограф

AFLP е по-чувствителен и възпроизводим метод, който може да се използва при ДНК профилиране на няколко таксони, включително гъби, бактерии, растения и животни без предварително познаване на ДНК последователности. Той помага да се идентифицират леки разлики между индивидите в популациите поради силно чувствителния им характер. AFLP е важен и за картографиране на геноми, криминалистични изследвания, родителски тестове, генотипизиране и др.

Фигура 01: AFLP

Какво е RFLP?

Полиморфизми с дължина на рестрикционния фрагмент (RFLPs) е техника, която се използва за откриване на генетичните вариации в хомоложни ДНК последователности. Това е първият метод, разработен за ДНК профилиране. Организмите имат уникални ДНК отпечатъци или ДНК профили. RFLP служи като важен инструмент за анализ на разликата между ДНК профилите на интраспецифични или тясно свързани организми, тъй като хомоложните последователности имат различни места (места) на рестрикция, които са уникални за определен организъм. Когато хомоложната ДНК се усвои със специфични рестрикционни ендонуклеази, това ще доведе до различни ДНК профили, които са уникални за всеки индивид. Следователно, главното в този метод е откриването на генетична промяна сред организмите чрез ограничаване на хомоложна ДНК със специфични рестрикционни ензими и анализ на полиморфизма на дължината на фрагмента чрез гел електрофореза и блотиране. Моделите на петна са уникални за всеки организъм и характеризират специфичните генотипове.

Стъпки на RFLP

Изолиране на достатъчно количество ДНК от пробите
Фрагментация на ДНК пробите със специфични рестрикционни ендонуклеази в кратка последователност
Разделянето на получените фрагменти с различна дължина чрез електрофореза от агарозен гел.
Прехвърляне на геловия профил в мембрана чрез Южно блотиране
Хибридизация на мембраната с белязани сонди и анализ на полиморфизма на дължината на фрагмента във всеки профил

RFLP е много важна техника за откриване на наследяване на болестта и намиране на риска от появата на заболяването сред членовете на семейството. RFLP често се използва и при картографиране на геноми, идентифициране на престъпници в криминалистиката, тестване на бащинство и др. RFLP също има няколко ограничения. RFLP изисква предварително познаване на данните за последователността, за да се проектират сонди за хибридизация. Също така изисква изолиране на достатъчно количество ДНК от пробата за анализ, което е трудно при съдебномедицински изследвания.

Фигура 01: RRFLP картографиране

Каква е разликата между AFLP и RFLP?

ALFP срещу RFLP
AFLP включва селективно PCR амплифициране на усвоената ДНК.	RFLP не включва PCR, освен ако не е PCR-RFLP.
Последователност знания
Предварителни знания за последователност не се изискват.	Необходимо е предварително познаване на последователността за проектирани RFLP сонди.
надеждност
Това е по-надеждно.	Това е по-малко надеждно в сравнение с AFLP.
Ефективност при откриване на полиморфизъм
Това има по-висока ефективност при откриване на полиморфизъм от RFLP.	Това е по-малко ефективно в сравнение с AFLP.
цена
Това е малко скъпо в сравнение с RFLP.	Това е по-евтино в сравнение с AFLP.
Приложения
AFLP са приложени за картографиране на геноми, отпечатване на ДНК, изследвания за генетично разнообразие, тестване на бащинство и криминалистика	RFLP анализът е важен инструмент в картографирането на генома, локализирането на гените за генетични разстройства, определянето на риска от заболяване и тест за бащинство.

Обобщение - AFLP срещу RFLP

AFLP и RFLP са две техники, използвани като генетични маркери за оценка на разнообразието и оценка на генетичните връзки в молекулярната биология. AFLP служи като ефективен и чувствителен метод за откриване на генетичен полиморфизъм между организмите, отколкото RFLP. Въпреки че и двата метода имат различна ефективност при откриване на генетични изменения, те все още се използват за отпечатване на ДНК и диагностика на заболяването.

справка:
"1. Гарсия, Антонио А. Ф., Лучана Л. Бенхимол, Антония М. М. Барбоса, Исаас О. Джералди, Соуза-младши Клаудио Л. и Анете П. Де Суза. „Сравнение на маркери за RAPD, RFLP, AFLP и SSR за проучвания на разнообразието в инбридни линии от тропическа царевица.“ Генетика и молекулярна биология. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 март 2017г
2. "Полиморфизъм с дължина на ограничения фрагмент (RFLP)." Национален център за информация за биотехнологиите. Националната медицинска библиотека на САЩ, n.d. Web. 19 март 2017г
3. Masiga D. K. и Turner C. M. (2004). „Амплифициран (рестрикционен) фрагмент с дължина на полиморфизма (AFLP)“. Методи Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19 март 2017г

С любезност на изображенията:
1. „ALFP“ от Barbarossa от холандската Wikipedia - Прехвърлен от nl.wikipedia в Commons. (Public Domain) чрез Wikimedia на Commons
2. „RFLP картографиране“ от Retama - Собствена работа (GFDL) през Wikimedia на Commons

Наука и природа