В миналото, архибактерии бяха класифицирани като бактерии и бяха повикани архаебактерии. Но беше открито, че археите имат отчетлива еволюционна история и биохимия в сравнение с
До средата на 20 век биолозите класифицират всички живи същества като растение или животно. Но тази система не успя да побере гъбички, протестисти и бактерии. Така до 70-те години класификационната система се е развила до това, което е било известно като Петте кралства - прокариоти (бактерии) и еукариоти (растения, животни, гъби, протисти). Еукариотите се характеризират с наличието на ядра, цитоскелети и вътрешни мембрани в техните клетки.
В края на 70-те д-р Карл Уиз и неговите колеги от Университета на Илинойс идентифицират група микроорганизми, чийто генетичен състав значително се различава от другите бактерии. Така те разделиха прокариотичния живот на това, което наричаха archaeabacteria и еубактери. По-късно обаче те заключиха, че „археабактериите“ са достатъчно различни, за да не бъдат бактерии изобщо. Така групите бяха преименувани на архибактерии и бактерии.
Дървото на живота показва класификация на всички живи организми.Както археята, така и евбактериите са сходни по форма и размер. И двете се срещат като пръчки, коки, спирали, плочи или навити.
Общата клетъчна структура на археите и бактериите е еднаква, но съставът и организацията на някои структури се различават в археите. Подобно на бактериите, археите нямат вътрешни мембрани, но и двете имат клетъчна стена и използват флагели за плуване.
Archaea се различават по това, че тяхната клетъчна стена не съдържа пептидогликан и клетъчната мембрана използва ефирно свързани липиди за разлика от свързаните с естери липиди в бактериите.
Археевите жгутици еволюираха от бактериален тип IV пили, докато бактериалните жлеза са се развили от секреционна система тип III. Бактериалният жълтеник е като стебло, което е кухо и е сглобено от субединици, които са свободни да се придвижват нагоре по централната пора, добавяйки се към върха на жлезниците, докато в археите джобните субединици се добавят към основата.
Archaea възпроизвеждат асексуално чрез процеса на бинарно делене, разпъване и раздробяване. Eubacteria възпроизвеждат асексуално чрез бинарно делене, разпръскване, фрагментиране, но евбактериите имат уникалната способност да образуват спори, за да останат спящи през годините, черта, която не се проявява от Архея. Растежът на бактериите следва на три фази, изоставащата фаза, когато клетките се адаптират към новата среда, маркирането на фазата на експоненциален растеж и стационарната фаза, когато хранителните вещества се изчерпват.
Archaea може да оцелее в екстремни и тежки среди като горещи извори, солени езера, блатисти райони, океани, черва на преживни животни и хора. Eubacteria са повсеместни и се намират в почвата, горещите извори, радиоактивните отпадни води, земната кора, органичните вещества, телата на растенията и животните и т.н..